Sesuai dengan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia (PMA) nomor 13 Tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama, susunan  organisasi  Kantor Kementerian Agama  Kabupaten Magelang sebagaimana dimaksud dalam Pasal 396 ayat (2) huruf z terdiri atas:

1. Subbag Tata Usaha;
2. Seksi Pendidikan Madrasah;
3. Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren;
4. Seksi Pendidikan Agama Islam;
5. Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah;
6. Seksi Bimbingan Masyarakat Islam;
7. Penyelenggara Syariah;
8. Penyelenggara Kristen;
9. Penyelenggara Katolik;
10. Penyelenggara Buddha; dan
11. Kelompok Jabatan Fungsional.

Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan koordinasi perumusan kebijakan teknis dan perencanaan, pelaksanaan pelayanan dan pembinaan administrasi, keuangan dan barang milik negara di lingkungan Kantor Kementerian Agama.

Seksi Pendidikan Madrasah mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi pada  pendidikan madrasah.

Seksi Pendidikan Agama Islam mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan teknis, pembinaan serta pengelolaan data dan informasi  di bidang  pendidikan agama Islam pada PAUD, SD/SDLB, SMP/SMPLB, SMA/SMALB/SMK.

Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren  mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi  di bidang pendidikan diniyah dan pondok pesantren.

Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah  mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan serta pengelolaan data  dan informasi  di bidang penyelenggaraan haji dan umrah.

Seksi Bimbingan Masyarakat Islam mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi  di bidang  bimbingan masyarakat Islam.

Penyelenggara Syariah mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi  di bidang  pembinaan syariah.

Penyelenggara Kristen mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan teknis, pembinaan serta pengelolaan data dan informasi  di bidang  bimbingan masyarakat Kristen.

Penyelenggara Katolik mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan teknis, pembinaan serta pengelolaan data dan informasi  di bidang  bimbingan masyarakat Katolik.

Penyelenggara Buddha mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan teknis, pembinaan serta pengelolaan data dan informasi  di bidang  bimbingan masyarakat Buddha.